Filterborstels worden veelvuldig toegepast als mechanisch filtermateriaal. Filterborstels hebben tot doel het zoveel mogelijk tegenhouden van zwevend organisch vuil en zitten dan ook op de eerste plaats in het filter, eventueel voorafgegaan door een voorfilter (vortex, zeef). De borstels vangen heel wat vuil en moeten daarom regelmatig schoongemaakt worden. Je kunt dit doen met een tuinslang of onderdompelen in een emmer. Als mechanisch filtermateriaal hebben de borstels niet de bedoeling om bacteriën te huisvesten, vandaar dat men ze mag spoelen met de tuinslag, maar zijn juist van belang om de biologische filtermaterialen, die zich achterin het filter bevinden zo min mogelijk te belasten met organisch vuil. Zo creëren we een zuurstofrijke omgeving waarin de nuttige bacteriën zich kunnen huisvesten en koloniseren